Tuesday, February 13, 2018

Nanopore sequencing(ナノポアシークエンシング)

技術ってたまに飛躍的に向上するけど、その時必ずといっていいほど、あさっての方向からくるよね。既存の技術を向上したものではなく。」と一個前のブログに書いたけど、その第二弾。

実験医学1月号の「どこでも 誰でも より長く ナノポアシークエンサーが研究の常識を変える!」より。

この技術、数年前にScience magazineで記事を見つけて私は大騒ぎしていた。
Pocket DNA sequencers make real-time diagnostics a reality (Science Magazine)
私は別にsequencingをするような仕事はほとんどしてないが、画期的な技術が好きなのである。

百聞は一見に如かず。こんな感じ。

すごくない?すごくない?

実験医学によると、今までのシークエンサーは技術は向上したとはいえ、サンガー法を元にしたものであるらしい。ということで、改めてサンガー法の説明ビデオ。

ウィキペディアによるとサンガー法は1977年に開発された。

上のナノポアの仕組みはこんな感じ。

なんと言っても図る装置が非常に小さいのがすごい。実験医学によるとBento Labと組み合わせてどこにでも持っていけるらしい。実験医学の記事にナノポアシークエンサーの長所と短所が書いてある。今のところ精度がやや低いらしいが、そんなのはきっとそのうち技術の向上でどうにかなるでしょう!

今日の教訓 ナノポアシークエンサーは画期的な技術

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Space X、車を宇宙に飛ばす その2(半永久的に保存できる360TBの記憶媒体の話)
DNA電気泳動のバッファー検討しなおし+エチジウムブロマイドの神話(バッファー変えてDNA電気泳動時間が半分になったこと)

Space X、車を宇宙に飛ばす その2

「Space X、車を宇宙に飛ばす」の続き。

The Falcon Heavy test flight included a copy of Isaac Asimov’s Foundation novels
いわく、この前のSpace Xが飛ばしたTeslaロードスターの中には、特別なものが入っている。それはアイザック・アシモフが書いた「ファウンデーションシリーズ三作!」
ファンデーションシリーズは私も大好きである。(ちなみにアイザック・アシモフは私が働いているボストン大学医学部のAssociate professorだったらしい)全部で7冊ぐらいあり、全部英語で読んだ。その最初の三冊が小さなquartz disc(水晶の記憶媒体)に入っている。指ぐらいのサイズのその記憶媒体が保存できる容量は理論上360TB。

360TB!!!!

ここにあるマックのバックアップ用のHDは4TBで、はるかに大きいですけど。

Optical Data Storage Squeezes 360TB on to a Quartz Disc—Foreverによると、13.8 billion years even at temperatures of 350oF(176oC)と書いてある。とてつもなく長い期間ですな。

とてつもないサイズのハードディスクが必要そうな友人に思わず連絡してしまった。
Visualizing the brain at the level of the connectome would consume nearly half the world’s current digital storage capacity (New York Times)
によると、
マウスの脳のマップを精密に記録するのに必要な容量は450,000 TB
人の脳のマップを精密に記録するのに必要な容量は1,300,000,000 TB
2014年時点の地球上の全部のハードディスクの容量は2,600,000,000 TB

このquartz discだったら
マウスの脳は1250枚。
人の脳は3600000枚?
まだ多いけど、マウスは可能?

この記憶媒体はイギリスのSouthampton大学のArch Mission foundationで作られたものらしい。Arch(アーク)はファウンデーションシリーズに出てくるプロジェクトで、人間の知識の全てを保存するという話。Arch Mission FoundationのWebページによると、

“The sum of human knowing is beyond any one man; any thousand men. With the destruction of our social fabric, science will be broken into a million pieces... But, if we now prepare a giant summary of all knowledge, it will never be lost.” ”
— Hari Seldon, Issac Asimov's Foundation

とな。

同じ様な記憶媒体は日立が2012年に作ったらしいがその容量は40MB。6年後には360TB。ものすごい技術の発展ですな。それにしても技術ってたまに飛躍的に向上するけど、その時必ずといっていいほど、あさっての方向からくるよね。既存の技術を向上したものではなく。

今日の教訓 ところで、宇宙人はファウンデーションシリーズ読むんで?

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Space X、車を宇宙に飛ばす

Friday, February 9, 2018

Space X、車を宇宙に飛ばす

数日前、このビデオが友人から送られて来た。



Space X(イーロン・マスクのロケットの会社)がTeslaロードスター(イーロン・マスクの電気自動車の会社)を乗せたロケット(Falcon Heavyという)を試験飛行で宇宙に飛ばして、その車にはちゃんと宇宙服着たマネキンが運転席に座っていて、しかも「DON'T PANIC!」と車に書いてあるので、「これはこれは!」と思って情報をくれた、、、らしい。

さらに車にはDavid Bowie の Space Oddityがかかっているらしい!

宇宙は真空なので、音楽は全く意味がないことに注意(笑)歌詞はこっち

DON'T PANIC!はthe hitchhiker's guide to the galaxyという、世界に羽ばたくサイエンティストならば読んだほうがいいと私が思っている本から来ている。でないとDON'T PANICと車に書いてあっても意味がわからないではないか。。。


「利己的遺伝子」を書いたリチャード・ドーキンスもお勧めしている本。
Lament for Douglas Adams から引用。
"What I didn't know was how deeply read he was in science. I should have guessed, for you can't understand many of the jokes in Hitchhiker if you don't know a lot of advanced science."
と書いてあるように、かなりのサイエンスの知識がないと、ヒッチハイカーのジョークが理解できない。

イーロン・マスクもお勧めの本。(宇宙に飛ばした車にDON'T PANIC!って書いてるんだから当然か)
14 books that inspired Elon Musk (Business Insider)

英語で読むことをお勧めする。2冊目The Restaurant at the End of the Universeは日本語のタイトル間違ってるし。「宇宙の果てのレストラン」じゃなくって、「宇宙の終わりのレストラン」。Advanced scienceですな。イギリス人のジョークを英語から日本語に直して伝えるというのは、まず無理だし。
ということでリンク。
The Hitchhiker's Guide to the Galaxy(アマゾンアメリカ)
The Hitchhiker's Guide to the Galaxy(アマゾン日本)

さて宇宙を飛んでる車にもどって。
Falcon Heavy, in a Roar of Thunder, Carries SpaceX’s Ambition Into Orbit (New York Times)によると、
“It’s kind of silly and fun, but silly and fun things are important,” Mr. Musk said.
だそうである。車にマネキンのせてDon't panicと書いて宇宙に飛ばして、しかも宇宙の中で音楽流してそれを映像でとってYoutubeで流しているんだからSillyでFunなのには間違いないが、メッセージは強烈だぞイーロン・マスク。ものすごく綺麗な映像だし。それこそDavid Bowieの曲ききながら観るものです。学生が「政府のプロジェクトじゃなくって、民間企業だ。だから車のせたんだ」と興奮していたが、全くその通り。その後この車は3回目の噴射でどっかに飛んで行ったらしい。噂によると小惑星帯まで行って戻って来てそれから火星のまわりを回るということだったが、他の人が計算したところによるとそうはいかないらしい(笑) まあいいか。 いいものを見せてもらいました。イーロン・マスクありがとう。

今日の教訓 イーロン・マスク最高!

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The Hitchhiker's Guide to the Galaxyイギリス人のジョークがふんだんにちりばめられた傑作である。ナンセンスがたっぷりで笑いすぎで死にそうな本。

Monday, January 22, 2018

ボストン 大雪の時の必殺技

朝から日本の新聞みたら、大雪で大変なことにー。

それで思ったこと。ボストンで大雪(吹雪とかsnow stormとか)の時の交通は、実は学校がコントロールしている(私の仮説)

学校(小学校、中学校、高校)が休校になって、子供が家にいないといけなくなる。
高校生はどうか知らないけど、法律で子供だけ家に置いていちゃいけないから(鍵っ子禁止)、夫婦のどっちかが休むあるいはベビーシッターを雇うことになる。

ということで、外で走っている車は半分以下に減る。すごくない?

この前の20-30cmぐらい積もった時は、確かSnow emergencyが出て、大学も休校になった。前日に大学からメールが来る。そういうときは仕事行く気なくなるので(行ったらいけなかったんだっけ?)、私も自宅から仕事。インターネットあれば、普通仕事できるし。

その時はほとんど車は走っておらず、緊急車(消防車とか救急車とか)と除雪車のみになる。
道路の雪の掃除は比較的簡単になる。

今日の教訓 ボストンでは雪の日の交通は学校がコントロール

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新年の挨拶2018年 + ヒーター壊れた?

Saturday, January 20, 2018

またもアメリカ政府営業停止!

またもアメリカ政府営業停止である。

Government Shutdown Begins as Budget Talks Falter in Senate

アメリカではなんでもアリである。
アメリカ人じゃない学生に「今日政府閉鎖するかもよ」って言ったら「えー?」って信じていなかった。
閉鎖した今日、「ほんとだー!」というメールが来た(笑)
普通政府が営業停止するとは思わないわな。

この前やったのは2013年で16日間続いた。NIHも閉鎖して、NIHでポスドクしていた同僚は働くの禁止、メールも禁止だったらしい。今回も長く続けばどうなるのか不明。NIHが閉鎖が長引くとNIHの研究費申請書締め切りも伸びる。。。。かもしれない。2013年の時には伸びた。

iPS cellとかOrganoidの実験していたらどうするんだろう? ちょっと疑問。

今回営業停止でどうなるかのビデオはこっち。


What Will Happen if the Government Remains Shut Downに営業停止するリストが載っている。基本最低限の人数で動かす。

今日の教訓 アメリカではなんでもアリ。

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アメリカ政府営業停止
アメリカ政府営業再開と、グラント書き