DNA電気泳動のバッファー検討しなおし＋エチジウムブロマイドの神話
今日の大発見。
発見その1
学生2人に実験を教えているのだが、授業があるので学生は忙しすぎて時間がなかなか取れないのである。それでDNA電気泳動を早く終わらせるにはどうすればいいか、調べていたのである。
日本で所属していたラボではTBE buffer
ドイツで所属していたラボではTAE buffer
アメリカのラボではTAE buffer
日本でいたときのほうが泳動早く済んでいたような？と思ってインターネットでTAEとTBEの違いを調べようと思ったらこんなのを発見。
Which is Best: TAE, TBE or Something Else? (BitesizeBio)
Is this true that we have better alternatives to TAE and TBE Buffers for agarose gel electrophoresis? (ResearchGate)
ディスカッションにオリジナルの論文が載っている。ダウンロードして読んでみた。
なんと誰かがバッファーを検討しなおして、voltageを上げても大丈夫なbufferを作ったそうな。しかもTAEやTBEよりも安い！！！！なんと！！！！！！検討の価値あり。来週さっそく試薬を購入して学生に試してもらおう。
Faster, Cooler DNA gels (BitesizeBio)から組成を引用。
10mM sodium boric acid (Na2B4O7/Borax)
For standard applications (separation of DNA fragments from 100bp-5kbp).
Our lab’s standard DNA gel buffer has become 20 g of Borax into 1 l of water which gives a 20x stock solution. Small gels run in 10-15 minutes at 200V.
5mM lithium acetate (LiOOCCH3, CAS:546-89-4)
For separation of fragments longer than 3 kbp.
1mM lithium boric acid (Li2B4O7, CAS:12007-60-2)
For separating small DNA fragments and ssDNA
元の文献知りたい人はこっちをどうぞ。
・Sodium boric acid: a Tris-free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis
・Ultra-fast high-resolution agarose electrophoresis of DNA and RNA using low-molarity conductive media
Mupid（アメリカでも売ってる）に変更したほうが小さいし早いかしらと思っていたのだが、その必要なさそうである。
発見その2
ついでにエチジウムブロマイドをもっと安全性の高いものに変えようかしらと探していた。SYBR greenとかGelRedとかSYBR Safeとかの値段とか使い勝手を調べたらここに行き着いた。
Ethidium Bromide: The Alternatives (またもやBitesizeBio) 高いー。ThermoFisherのウェブサイトとかSigmaAldrichのウェブサイトとかで調べてみたけど、高いー。と、いろいろ調べていたらこんな記事発見。
The Myth of Ethidium Bromide (Science Translational Medicine)
日本語訳「エチジウムブロマイドの神話」
えーーーー！！！！！
4回生の時に研究室に入ってからずーっとエチジウムブロマイドは発がん性があると信じていたのだが、実はそうでもない？ 今まで通り大学の指示どおりに処理はするけど、そうピリピリすることもない？？？？ 興味のある方は上の記事を是非とも読んで判断してください。
ついでにBitesizeBioはFeedly（RSS feeder）に登録してー。
ついでに思い出した話。
Lab staple agar hit by seaweed shortage
今でも十分高いけど、これからはさらに値段があがる？再利用の仕方は時間と研究費(さいふ)にやさしいエコ実験をどうぞ（笑）
今日の教訓 たまには実験プロコトールの検討しなおしするもんだ。
過去のブログ
・時間と研究費（さいふ）にやさしいエコ実験
追加情報 一般的なDNA泳動のvoltageの決めかたを発見。
Agarose Gel Electrophoresis Tips & Tricks (ThermoFisher Scientific)
How do you choose the running conditions for agarose gel electrophoresis?
The recommended voltage is 4–10 V/cm (distance between anode and cathode, not the length of the gel) in the gel electrophoresis unit. If the voltage is too low, then the mobility is reduced and band broadening will occur due to diffusion. If the voltage is too high, the band resolution is reduced, mainly because of gel overheating.
新しいバッファーではどこまでvoltageを上げることができるかしら？ ふふふ。
発見その1
学生2人に実験を教えているのだが、授業があるので学生は忙しすぎて時間がなかなか取れないのである。それでDNA電気泳動を早く終わらせるにはどうすればいいか、調べていたのである。
日本で所属していたラボではTBE buffer
ドイツで所属していたラボではTAE buffer
アメリカのラボではTAE buffer
日本でいたときのほうが泳動早く済んでいたような？と思ってインターネットでTAEとTBEの違いを調べようと思ったらこんなのを発見。
Which is Best: TAE, TBE or Something Else? (BitesizeBio)
Is this true that we have better alternatives to TAE and TBE Buffers for agarose gel electrophoresis? (ResearchGate)
ディスカッションにオリジナルの論文が載っている。ダウンロードして読んでみた。
なんと誰かがバッファーを検討しなおして、voltageを上げても大丈夫なbufferを作ったそうな。しかもTAEやTBEよりも安い！！！！なんと！！！！！！検討の価値あり。来週さっそく試薬を購入して学生に試してもらおう。
Faster, Cooler DNA gels (BitesizeBio)から組成を引用。
10mM sodium boric acid (Na2B4O7/Borax)
For standard applications (separation of DNA fragments from 100bp-5kbp).
Our lab’s standard DNA gel buffer has become 20 g of Borax into 1 l of water which gives a 20x stock solution. Small gels run in 10-15 minutes at 200V.
5mM lithium acetate (LiOOCCH3, CAS:546-89-4)
For separation of fragments longer than 3 kbp.
1mM lithium boric acid (Li2B4O7, CAS:12007-60-2)
For separating small DNA fragments and ssDNA
元の文献知りたい人はこっちをどうぞ。
・Sodium boric acid: a Tris-free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis
・Ultra-fast high-resolution agarose electrophoresis of DNA and RNA using low-molarity conductive media
Mupid（アメリカでも売ってる）に変更したほうが小さいし早いかしらと思っていたのだが、その必要なさそうである。
発見その2
ついでにエチジウムブロマイドをもっと安全性の高いものに変えようかしらと探していた。SYBR greenとかGelRedとかSYBR Safeとかの値段とか使い勝手を調べたらここに行き着いた。
Ethidium Bromide: The Alternatives (またもやBitesizeBio) 高いー。ThermoFisherのウェブサイトとかSigmaAldrichのウェブサイトとかで調べてみたけど、高いー。と、いろいろ調べていたらこんな記事発見。
The Myth of Ethidium Bromide (Science Translational Medicine)
日本語訳「エチジウムブロマイドの神話」
えーーーー！！！！！
4回生の時に研究室に入ってからずーっとエチジウムブロマイドは発がん性があると信じていたのだが、実はそうでもない？ 今まで通り大学の指示どおりに処理はするけど、そうピリピリすることもない？？？？ 興味のある方は上の記事を是非とも読んで判断してください。
ついでにBitesizeBioはFeedly（RSS feeder）に登録してー。
ついでに思い出した話。
Lab staple agar hit by seaweed shortage
今でも十分高いけど、これからはさらに値段があがる？再利用の仕方は時間と研究費(さいふ)にやさしいエコ実験をどうぞ（笑）
今日の教訓 たまには実験プロコトールの検討しなおしするもんだ。
過去のブログ
・時間と研究費（さいふ）にやさしいエコ実験
追加情報 一般的なDNA泳動のvoltageの決めかたを発見。
Agarose Gel Electrophoresis Tips & Tricks (ThermoFisher Scientific)
How do you choose the running conditions for agarose gel electrophoresis?
The recommended voltage is 4–10 V/cm (distance between anode and cathode, not the length of the gel) in the gel electrophoresis unit. If the voltage is too low, then the mobility is reduced and band broadening will occur due to diffusion. If the voltage is too high, the band resolution is reduced, mainly because of gel overheating.
新しいバッファーではどこまでvoltageを上げることができるかしら？ ふふふ。
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